公元1681年（清康熙二十年）冬，清军进入云南省城昆明，历时8年的“三藩之乱”被平定。
破城之前，平寇大将军固山贝子彰泰驻军昆明城东金马山下。这一夜，他梦到金马腾骧，第二天，清兵在金马山下大败吴三桂人马。围城8个月之后，固山贝子兵不血刃进入昆明城。
这段事迹被记录在清康熙年间《重建金马山灵应寺》碑刻中，也被赵鹤清写入了《滇南名胜图》。
赵鹤清画金马寺时，对它的历史并未回溯太远，只简单说“金马山之麓有灵应寺，建于明初。”
其实，昆明东郊这所寺院已经在漫长的历史中几经更迭。云南近代学人罗养儒在《纪我所知集》中说它建自汉代，“后则时毁时修，不知凡几矣”。金马神祠、灵应寺、金马寺，都是它的名字。
保存在金马寺内的清嘉庆年间《重修金马寺灵应禅寺碑记》则记载：“至汉宣帝时，遣王褒持节祭金马碧鸡之神，而建祠焉，遂相传不朽。”这就把金马神祠的始建年代确定为西汉时期。
更多的资料认为金马神祠建于唐南诏时期，唐代樊绰所著《蛮书》中也说，“金马山在拓东城螺山南二十余里，高百余丈”“山上亦有神祠”。
这所昆明最早的佛教寺院，最初是本土信仰祭祀场所。公元676年（唐仪凤元年），以佛教为国教的蒙舍诏（即南诏）威成王加封金马山神为“金马名山至德景帝”，并赐寺额“灵应寺”，俗称金马寺。
滇池岸边很早就有金马的传说，说它是滇池中的龙马交配而生，可日行500里，又叫滇池驹。金马寺成为佛教寺院后，金马就正式与阿育王三太子至德联系在了一起。
佛教“护法明王”阿育王是印度孔雀王朝第三代君主，传说他有一匹神马，身高8尺，红鬃赤尾，毛有金色。阿育王的三个儿子都想得到这匹神马，于是，阿育王将神马放出，追上它的人就是它的主人。因为神马见到神辔后才会被驯服，阿育王就悄悄将神辔给了最喜欢的小儿子至德。至德一直向东追去，在滇池东山之上降服了神马。东山因此改名为金马山，至德也成为金马山山神。
金马寺历史悠久，代有兴废。现在的金马寺，已经包围在居民区和学校之中，在《蛮书》中“高百余丈”的金马山，现在只是寺后（东）略高的土坡而已，土坡后面又是鳞次栉比的居民区。赵鹤清在《滇南名胜图》中也说，金马山“山不甚高，而绵亘数十里”。
谁能想到，无论是公元1381年（明洪武十四年）明军与元军的战斗，还是“三藩之乱”清军与吴军的搏杀，甚至公元1857年（清咸丰七年）的兵燹，都发生在这金马山下，山脚下的金马寺也因此未能幸免于战火。
幸运的是，每次被毁，金马寺都能迎来重建。特别是在明代的两次修复后，金马寺规模达至极盛，殿庑繁多，僧寮密集，从而一跃而跻身于昆明八大名胜之一——“金马朝晖”。也是在明正统年间，寺内建起一座13层的密檐式砖塔，塔名灵应塔，也叫金马寺塔。
有清一代，金马寺又曾多次重修。赵鹤清在《滇南名胜图》里记述了固山贝子彰泰在占领昆明城三年后施资重建金马寺，恢复旧观。公元1816年（清嘉庆二十一年），寺中建起神骥亭。
然而，仅仅四年之后，金马寺又被战火摧毁。这一次，金马寺再也无力恢复昔日繁盛，最终走向凋零没落。
到100年前赵鹤清画金马寺时，他还同时画了金马山。此时的金马山还“在昆明县东十里”处，依然是林木葱郁的郊外，山势平缓如马背，一户人家也看不到。此时的金马寺，规模已经与历史上极盛之时相差甚远，形制狭小逼仄。
在他的笔下，金马寺最显眼的就是神骥亭，它居于画面中央。一匹骏马头西尾东，骏马体型肥腴壮硕，很是威武。赵鹤清用文字记述道：祠前有金马模型，一亭覆之。咸丰三年，黄榘卿先生题曰神骥亭”。
由赵鹤清所画的金马寺来看，当时寺院里的树木相当繁茂，阿育王殿和至德殿都隐于绿叶之下。只有寺后的明代砖塔高高耸立，似仍能听到塔顶大鹏金翅鸟——伽楼罗迎风鸣叫的声音。
现在，曾经战火弥漫的金马山已不可寻，金马寺却仍在居民区中梵唱声声。隔着金汁河，从曲折的街巷走进去，在转弯处抬起头来，十几级石阶之上，就是庄严肃穆的金马寺山门。
不复当年的规模宏大，现在占地1300多平方米的金马寺，日影闲落、庭院幽静。转过山门，再次拾级而上，穿过殿庑，传说中的神马就已经在眼前了。原来的神马塑像已毁，新塑神马高2米长4米多，仍然头西尾东，通体金黄，鬃毛和尾巴都如火焰般扬起，仿若在奋力疾行。
原来的神骥亭现在叫神驹亭，雕梁画柱，围护着神马。神马奔驰的方向，就是目前寺院中最重要的建筑——三太子殿（即原来的至德殿）。殿中供奉的就是佛教护法明王阿育王的三儿子，也就是金马山山神至德景帝。三太子面目俊朗，身着金盔金甲，背负金剑，手持神辔。他就是凭神辔驯服了神马。
至德景帝的塑像与赵鹤清在《滇池名胜图》所述极为一致。至德殿在赵鹤清笔下只露殿宇轮廓，但他在配文中说，殿内所奉“偶像为翩翩公子而身着戎装，盖即阿育王第三子名至德者也”。
寺院后面，建于明代的十三层砖塔依然是金马寺的标志之一。砖塔层层而上，黄身黛檐，至最高处四只大鹏金翅鸟迎风而立，似朝着四面八方发出鸣叫。
这片规模不大的梵音古刹，其他季节绿意森森，到了秋末冬初，寺中银杏、滇朴一片金黄，又会给四周的居民区增添不少幽静和诗意。
1983年，金马寺的三太子殿、神驹亭以及金马寺塔被公布为昆明市官渡区文物保护单位。随后，又先后几次对寺院进行修缮和恢复。
现在，金马寺的修缮仍在继续，阿育王殿和财神殿脚手架林立。将来，金马寺会以更为切近历史的面貌与众多游客见面。
古寺甘霖降，太平祥瑞生。这座昆明城最早的佛教寺院，一路从历史深处走来，经历那么多风风雨雨，一次次被摧毁，又一次次顽强重生。在这个过程中，“东骧神骏”的金马，也成为昆明城历久不衰的文化形象之一。
一座寺院的坎坷与荣光，一座城市的历史与未来，那些宏大与微小，在每一滴雨水里，在每一线阳光里，在古塔风铃的每一声梵唱里，也在周围居民的落寞与欢笑里。